V listopadu 2018 došlo k založení Konfuciova institutu na pražské Vysoké škole finanční a správní (VŠFS), což podpořil i člen představenstva a někdejší děkan, zároveň bývalý ministr průmyslu a obchodu a ministr dopravy a současný poslanec za hnutí ANO Karel Havlíček. Přínos institutu vidí v tom, že „v Česku chybí opravdu nestranné a kvalitní hloubkové analýzy, včetně vědeckých výzkumů zaměřených na posouzení ekonomických vztahů mezi Českem a Čínou“. Jeho fungování slavnostně zahájila členka čínského Politbyra a někdejší vedoucí Oddělení práce na jednotné frontě ÚV KS Číny Sun Čchun-lan. S VŠFS se pojí i jiné kontroverze.

K otevření navíc došlo v době, kdy univerzity jinde ve světě začaly své Konfuciovy instituty (nejen) z bezpečnostních důvodů naopak rušit. Další podobný institut je v Česku při Univerzitě Palackého v Olomouci, založen byl v roce 2007.

Konfuciovy instituty se vydávají za čínský ekvivalent kulturních institutů, jako jsou španělský Instituto Cervantes nebo německý Goethe-Institut. „Na rozdíl od těchto evropských institucí je však projekt Konfuciových institutů netransparentní a plně podřízený stranickým a státním orgánům,“ uvedl Sinopsis. Oficiálním posláním Konfuciových institutů je „poskytovat výuku čínského jazyka a přibližovat čínskou kulturu“.

Existuje řada zdokumentovaných případů, kdy se Konfuciovy instituty a jejich zastánci snažili ovlivňovat veřejné mínění například skrze šíření dezinformací a potlačování kritických hlasů na partnerských univerzitách mimo Čínu. V některých případech ze strany Konfuciových institutů dokonce dochází ke špionáži v hostitelských zemích, varuje před nimi i americká FBI.